Penjaminan mutu di STIKes Elisabeth Semarang merupakan suatu kegiatan mandiri yang dirancang, dijalankan, dan dikendalikan sendiri oleh Perguruan Tinggi melalui Badan Penjaminan Mutu. Badan Penjaminan Mutu STIKes Elisabeth berupaya menyusun dan melaksanakan sejumlah rencana program kerja agar terwujud proses pelaksanaan, pengawasan, pengendalian dan peningkatan mutu STIKes Elisabeth. Penyusunan program kerja Lembaga Penjaminan Mutu bertujuan mewujudkan praktik baik dalam proses penjaminan mutu internal di STIKes Elisabeth, yaitu untuk  mendorong upaya penjaminan mutu secara konsisten dan berkelanjutan.

Dalam pelaksanaan penjaminan mutu di STIKes Elisabeth Semarang, hendaknya mengikuti siklus PPEPP (Penetapan, Pelaksanaan, Evaluasi, Pengendalian, dan Peningkatan). Agar siklus tersebut dapat berjalan dengan baik maka perlu diawali dengan proses penetapan dokumen mutu yang baik dan tepat dan proses selanjutnya perlu terus dilakukan. Dokumen mutu perlu diperbaharui menyesuaikan perubahan kebijakan, peraturan yang berlaku dan visi misi agar pelaksanaan kinerja di STIKes Elisabeth dapat dijamin sesuai standar dan terlaksana dengan baik. Dengan adanya visi misi STIKes Elisabeth Semarang yang baru periode 2026-2041 dan adanya Permendiktisaintek terbaru Nomor 39 Tahun 2025 tentang Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi, oleh sebab itu STIKes Elisabeth Semarang telah melakukan peninjauan kembali dokumen mutunya. Kegiatan ini berlangsung tanggal 24-27 Februari 2026 dengan peserta terdiri dari unsur pimpinan dan unit kerja yang ada di STIKes Elisabeth Semarang. Kegiatan ini telah meninjau standar mutu, menyusun kembali buku pedoman, SOP, formulir/ rekam mutu, dan instruksi kerja (IK).